簡單地說：如果菌種污染，本身帶有雜菌，將直接導致菌包的污染，這里指的菌種包含母種、原種、栽培種，關于液體菌種將在以后專門論述，栽培種引起的污染嚴重時表現(xiàn)為在菌種部位出現(xiàn)雜菌，在接種后幾天內就可以表現(xiàn)出來。
在實際生產(chǎn)中，誰也不會將能夠看出來有雜菌的栽培種接入到菌包中，雜菌大多都是“隱性”的形式存在于栽培種中，要解決因菌種引起的污染，就必須從菌種的質量抓起，需要注意以下幾點：
1、
一定要自己制作菌種
這里是指具備一定的設備條件和技術條件，才能自己制作菌種，自己制作的菌種全過程都是自己嚴格控制，質量和純度才是有保證的，反之，購買的菌種因為本身質量，以及長距離的運輸?shù)?，都容易出現(xiàn)問題，特別是夏季從外地購買菌種，如果不使用冷藏車，在運輸?shù)倪^程中很容易導致活性下降和污染。
當然，如果你附近有質量可靠的菌種廠，也是可以使用購買的菌種，從長期發(fā)展，將會出現(xiàn)越來越多的專業(yè)菌種廠。
2、
避免使用老化菌種
因使用老化菌種引起的污染比較普遍，老化菌種一般指的是存放時間較長，或者是經(jīng)過低溫保藏的菌種，老化的菌種自身容易受到雜菌侵染，嚴重時肉眼可以看到，輕微感染或者是細菌感染，從外觀上是很難觀察到的，而接到菌包后，雜菌就具有了合適的生長條件，表現(xiàn)為污染。
老化的菌種，還表現(xiàn)為活性下降，接到菌包后菌種萌發(fā)速度慢，嚴重時會出現(xiàn)不萌發(fā)的情況，這樣就會給雜菌提供生長的機會，導致污染率增加，在食用菌工廠化生產(chǎn)中很少使用老化菌種，但是對于普通栽培戶來說，因為大多不具備制種能力，因使用老化菌種導致污染的情況時有發(fā)生。
3、
做好菌種生產(chǎn)計劃
按照生產(chǎn)計劃制作菌種，是保證能夠使用“新鮮”菌種的前提，所謂新鮮菌種是指剛剛長滿，或者是剛長滿幾天的菌種，這時的菌種活性最強，接種后萌發(fā)的速度最快，菌種的純度這時也是最高的，隨著長滿后存放時間的增加，菌種被感染而攜帶雜菌的機會也逐漸增加。
在工廠化生產(chǎn)中，大多數(shù)企業(yè)都能夠按照計劃進行菌種生產(chǎn)，而小型栽培戶對此不夠重視，要根據(jù)自己生產(chǎn)實際情況制定合理的栽培計劃，從計劃出菇的日起開始，推出進棚開袋的日期，在推出菌包接種的日期，以此類推，一直推算的母種的制作日期，這樣就做好了生產(chǎn)計劃。
4、
加大菌種挑選力度
無論是母種、原種、栽培種，都要根據(jù)實際用量盡可能多做一些，在培養(yǎng)的過程中，每天進行長勢和污染觀察，發(fā)現(xiàn)異常的及時挑出來，對于母種一定要做到100%的不染菌，但是是允許把長勢不良的母種淘汰的，原種和栽培種在使用前要有專門的人員進行最后一次嚴格的挑選，稍有懷疑的就要淘汰。
既然母種、原種、栽培種都允許有一定的淘汰率，那么在制作菌種的時候，就應該適當?shù)亩嘧龀鲆恍?，這樣才能保證生產(chǎn)的正常進行，根據(jù)制種水平的程度，可以規(guī)定當超過一定淘汰率的時候，該批次菌種就要全部淘汰了。
5、
盡量使用原種
原種的純度要遠遠高于栽培種，首先是從級別上說，越往下轉代，就容易出現(xiàn)污染和異常問題，然后是原種可以使用專用的菌種瓶，在接入母種后很容易觀察母種的萌發(fā)情況，對于長勢不良和污染的可以及時挑出，反而栽培種大多使用菌袋制作，不容易觀察，而且接入原種后，菌絲很快萌發(fā)覆蓋整個料面，接種和冷卻等引起的料面污染很容易會被菌絲覆蓋，很多外表正常，內部長滿青霉的栽培種就是這樣形成的。
使用原種，無疑會增加生產(chǎn)成本，這里菇行天下建議在食用菌生產(chǎn)中要綜合的分析成本問題，在食用菌生產(chǎn)中最大的成本付出是污染、出菇病害、產(chǎn)量低，使用原種似乎增加了一些成本，但是只要污染率下降一點就足可以彌補。
這里再舉一個例子，在去年（2016年）下半年，棉籽殼的價格上漲，很多工廠覺得用棉籽殼的成本太高了，就將多年穩(wěn)定生產(chǎn)的配方中的棉籽殼取消了，在配方中不使用棉籽殼這樣的重要的原材料，配方的物理性狀發(fā)生巨大改變，最后的結果是單產(chǎn)大幅降價，或者菇質差，這樣付出的代價遠遠超過使用價格很高的棉籽殼了，菇行天下希望朋友們在遇到類似問題的能夠綜合的考慮，而不要單一的從價格上分析。
6、
有條件盡量使用谷粒菌種
用玉米粒、麥粒、谷子、高粱制作的原種叫做谷粒菌種，因為成本問題，通常只用谷粒制作原種，谷粒菌種相比常規(guī)菌種活性更強，萌發(fā)速度更快，菌絲覆蓋滿料面的時間會更短 ，使得菌袋污染的幾率降低，如果具備制作谷粒菌種技術條件的朋友，盡量使用谷粒菌種。
很多朋友覺得制作谷粒菌種非常難，實際制作谷粒菌種和普通菌種區(qū)別并不大，只要注意谷粒吃透水分就可以，其他與常規(guī)菌種基本相同，在這一點上，對谷粒菌種感興趣的朋友不要只想不做，先做個幾十瓶試試，逐漸就能掌握谷粒菌種的制作方法。需要強調的是，谷粒菌種因為營養(yǎng)豐富，在接種和培養(yǎng)等環(huán)節(jié)更容易污染。
7、
合適的培養(yǎng)溫度
對于大多數(shù)的菇農(nóng)來說，對菌種生長過程中的溫度不夠重視，普遍是看到菌絲能夠生長就可以了，溫度過高或者過低的情況十分普遍，特別是溫度高的影響，菌絲在高溫狀態(tài)下新 陳代謝速度快，菌絲生長不夠強壯，在高溫的環(huán)境中更容易導致污染。
正確的做法是母種、原種、栽培種都應該在合適的溫度下培養(yǎng)，并進行適當?shù)耐L換氣，以滿足菌絲對氧氣的需要，不同的品種都有最合適的培養(yǎng)溫度，這里不進行單獨介紹，那么，如何能夠保證最合適的培養(yǎng)溫度呢？菇行天下建議，有條件的菇農(nóng)朋友要采用空調進行控溫，實際上現(xiàn)在家用空調的購買成本和使用成本都很低了，完全可以采用。
8、
菌種的接種方式
對于菌包接種來說，可以采用很多種方式，但是對于母種、原種、栽培種的接種，菇行天下建議一定要在接種箱進行，有條件的最好要在超凈工作臺中進行，生產(chǎn)量較大的可以在有層流罩（FFU）的接種室進行，這樣才能保證菌種接種的安全性，就更不要說采用“開放式接種”了。
很多朋友看了這一點都會有疑問，這又是超凈，又是層流罩（FFU）的，不就是種菇嗎！以前不用這些也能種菇，一定要用這些設備嗎？菇行天下可以負責的和朋友們說，食用菌的未來就是更多的采用先進的設備，即使小型生產(chǎn)，只用煙熏劑或者接種帳的方式，早晚會被行業(yè)的發(fā)展所淘汰，趨勢代表一切！
通過菇行天下上面的論述，您一定理解了菌種的重要性，也理解了您以前用的菌種存在太多的問題，能夠引起朋友們對菌種的重視，這樣菇行天下的目的也就達到了。
最后，菇行天下再強調一下，菇行天下一直建議自己制作菌種，這是有前提條件的，是一定要具備制作菌種的技術和設備條件的基礎上，才可以自己制作菌種。
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